Macron berkahwin dengan Brigitte Trogneux, yang merupakan gurunya di Sekolah Tinggi La Providence di Amiens.[31][32] Mereka pertama kali bertemu apabila beliau adalah seorang pelajar berusia 15 tahun di dalam kelas drama.[33]

Ibu bapanya pada mulanya cuba untuk memisahkan pasangan itu dengan menghantar beliau pergi ke Paris untuk menamatkan tahun akhir persekolahannya, kerana mereka merasakan mereka masih muda, tetapi pasangan itu tinggal bersama-sama selepas beliau lulus dan akhirnya berkahwin pada tahun 2007.

Mereka hidup dengan tiga kanak-kanak Trogneux daripada perkahwinannya terdahulu.[6]